Le SEDv est causé par des mutations du gène COL3A1, situé sur le chromosome 2. Ce gène code une chaîne essentielle du collagène de type III, une protéine indispensable à la solidité et à la structure des parois vasculaires ainsi que de certains organes creux (intestin, utérus…).
Lorsque le collagène de type III est produit de manière anormale, les tissus qui en dépendent deviennent fragiles, ce qui explique les complications potentiellement graves du SEDv.
Il s’agit d’une maladie héréditaire autosomique dominante : une seule copie du gène muté suffit pour entraîner la maladie.
Dans environ 50 % des cas, la mutation apparaît de novo, sans antécédents familiaux connus.