Les crises se manifestent essentiellement par des céphalées modérées à intenses. Ces maux de têtes surviennent classiquement d’un côté du crâne et sont aggravés par le mouvement. Ils sont associés à une hypersensibilité aux sons et à la lumière ainsi que des nausées et des vomissements.
Dans certains cas, les céphalées. peuvent aussi être associées à une aura. Elle se définit par des signes neurologiques transitoires et entièrement réversibles. Elle survient, en général, avant ou pendant les céphalées. Très souvent, il s’agit de troubles visuels comme des tâches brillantes ou une vision floue. Plus rarement, il peut s’agir de l’apparition de fourmillements, d'engourdissement d’une partie du corps, ou encore de difficultés à s’exprimer.
Les caractéristiques des crises peuvent changer au cours de la vie. Elles sont aussi fréquemment accompagnées de signes annonciateurs (prodromes) tels que des modifications de l'humeur ou une somnolence. Des signes peuvent également persister après la disparition des céphalées (post-dromes). Des crises sévères peuvent, par exemple, être suivies d’une grande fatigue.