La physiopathologie de la covid longue est purement post-infectieuse : il s’agit d’une activation inflammatoire systémique chronique de bas grade entraînant des troubles multisystémiques, notamment cardiovasculaires (palpitations, STOP, HTO), respiratoires (dyspnée, hypoperfusion alvéolaire), immunitaires (susceptibilité aux infections, hypersensibilités), neurologiques (troubles des fonctions supérieures, brouillard mental), entre autres. L’EM/SFC lui ressemble beaucoup dans la symptomatologie, mais son origine n’est pas nécessairement corrélée à une infection virale. Si elle est très fréquente (possiblement liée à une auto-immunité B post hypermutation somatique cherchant à lutter contre un pathogène avec un antigène proche des antigènes du soi), elle n’est pas unique, ce qui constitue un premier point de différenciation.
Toutefois, il est difficile de faire la différence autrement (en l’état actuel de la recherche). Le diagnostic positif est quasiment exclusivement clinique et les symptômes se recoupent beaucoup. Il faut toutefois noter la présence d’un hypométabolisme cérébral diffus à la TEP/IRM pour l’EM/SFC (il n’y a pas encore d’études à ce sujet pour la CL) non retrouvé ailleurs. De plus, certaines études suggèrent que le malaise post-effort — un symptôme cardinal de l’EM/SFC caractérisé par une forte aggravation des symptômes après intervalle libre suite à un effort, même minime — n’est pas retrouvé dans la CL. Il faut toutefois noter que cette assertion est en tout début de recherche : elle n’est que peu discutée et pas encore affirmée comme un consensus scientifique. Enfin, certaines études suggèrent que la CL se démarquerait de l’EM/SFC, car elle comporte une symptomatologie cardiorespiratoire plus marquée, alors que l’EM/SFC est plus caractérisée par les douleurs et les troubles du sommeil. Encore une fois, il ne s’agit que d’une hypothèse.
Si la CL n’a pas vraiment de critères diagnostiques pour le moment, l’EM/SFC en a plusieurs. En se référant aux critères du consensus canadien revisités (les plus consensuels), un diagnostic d’EM/SFC peut être posé si un patient présente une fatigue chronique (donc plus de 6 mois) associée à des malaises post-effort, des troubles du sommeil, des douleurs ainsi qu’au moins deux symptômes neurologiques et au moins un symptôme parmi des manifestations autonomes, des troubles neuroendocrinologiques et des troubles immunologiques.
Il est aussi à noter qu’il existe un diagnostic de « fatigue chronique » : il s’agit d’une fatigue chronique (plus de 6 mois) avec réduction des capacités du patient sans autres symptômes ou conditions pouvant expliquer le diagnostic.