La RCH évolue par poussées inflammatoires, suivies de périodes de rémission, durant lesquelles les signes cliniques diminuent voire disparaissent.
Durant les poussées, les symptômes fréquents sont :
- Diarrhée chronique
- Présence de sang dans les selles (rectorragies)
- Douleurs abdominales intenses
- Fatigue importante
Dans les formes sévères, on peut également observer un amaigrissement et une anémie.