Le SEDcl est causé par des mutations dans le gène TNXB, codant pour des instructions nécessaires à la synthèse de la protéine Ténascine-X (protéine fortement présente dans le tissu conjonctif du cœur, des muscles squelettiques, des tendons, des ligaments, de la peau et du tube digestif). Cette particularité génétique le distingue du SED classique, qui lui, est lié à des mutations des gènes COL5A1 et COL5A2.
Le syndrome d'Ehlers-Danlos classique-like (SEDcl) se transmet selon un mode autosomique récessif. « Autosomique » signifie qu'il peut être transmis et hérité indifféremment par les hommes et les femmes. « Récessif » signifie que la maladie n'apparaît que lorsque les deux copies d'un gène sont affectées par des variants pathogènes/mutations.
Les personnes atteintes du SEDcl transmettront donc toujours une variante pathogène à leurs enfants. Mais ces derniers ne seront atteints du SEDcl que s'ils héritent d'une deuxième variante pathogène du même gène de leur autre parent.
Les personnes porteuses d'une seule variante pathogène (donc récessive) sont appelées porteurs sains (ils ne sont pas malades mais peuvent transmettre une copie de la variante génétique à leurs enfants).